С 1998 года "Альфа и Омега" совместно с Издательством Московского Подворья Свято-Троицкой Сергиевой Лавры издает книжную серию под названием Библиотека журнала "Альфа и Омега". В книги серии входят как статьи, опубликованные в журнале, так и другие работы его постоянных авторов. На сегодняшний день в серии вышли следующие книги:

 

Архимандрит Макарий (Веретенников). Русская святость в истории, иконе и словесности. Очерки русской агиологии. М., 1998.
Архимандрит Макарий (Веретенников). Домашнее благочестие и защита от чародейства. М., 1998.
	Митрополит Антоний Сурожский. О слышании и делании. М., 1999
	Монахиня Игнатия. Старчество на Руси. М., 1999.
	Отцы. Матери. Дети.  Православное воспитание и современный мир. М., 2001.
	Монахиня Игнатия. Старчество в годы гонений. Преподобномученик Игнатий (Лебедев) и его духовная семья. М., 2001.

В 2001 году увидел свет первый выпуск серии "Патристика", подготовленный "Альфой и Омегой" совместно с Издательством Братства святого благоверного князя Александра Невского (Нижний Новгород). В настоящее время готовится к изданию второй выпуск серии "Патристика", куда войдут материалы одноименной рубрики, а также рубрики "Святоотеческая экзегетика" и новые публикации.